Die Geschichte der Sebastianskirche geht zurück auf Erzbischof Leonhard von Keutschach, der die Kirche in den Jahren 1505 bis 1512 errichten ließ. Die baufällige gewordene, spätgotische Kirche, die auf alten Stadtansichten noch mit kleinem Turm und Spitzdach zu sehen ist, wurde 1750 abgetragen und durch eine Saalkirche spätbarocker Prägung ersetzt.

Mit dem Umbau wurden Franz Anton Danreiter und der Tiroler Baumeister Kassian Singer beauftragt. Besondere Kostbarkeiten sind das von Danreiter entworfene und von Josef Anton Pfaffinger ausgeführte prachtvolle Rokokoportal und das herrliche Abschlussgitter von Philipp Hinterseer aus dem Jahr 1752. Den Hochaltar ziert die wundervolle Strahlenmadonna mit dem Kind aus dem Jahr 1611 von Hans Waldburger.

Der verheerende Stadtbrand von 1818 - der weite Teile der rechten Altstadt zerstörte - machte auch vor der Sebastianskirche nicht Halt. So fielen das Deckengemälde von Paul Troger und das Hochaltarbild mit der Darstellung des hl. Sebastian den Flammen zum Opfer. Mit der 1820 beginnenden Wiederherstellung der Kirche hielt das 19. Jahrhundert Einzug. An Stelle der verkohlten Barockgemälde traten Bildnisse zeitgenössischer Künstler, hinzu kamen Beichtstühle in zeitgemäßer Form. Seit 1991 wird die Kirche in Zusammenarbeit mit dem Bundesdenkmalamt liebevoll restauriert. Die Arbeiten sollen Ende 1996 abgeschlossen sein und die Kirche wieder in frischem "alten" Glanz erstrahlen lassen.

Im Durchgang zum weltberühmten Sebastiansfriedhof befindet sich seit 1564 das Grabmal des berühmten Arztes Theophrastus Bombastus von Hohenheim, genannt "Paracelsus".

Fürsterzbischof Wolf Dietrich von Raitenau ließ den Friedhof in der Art eines italienischen Campo Santo als Ersatz für den aufgelassenen Domfriedhof von Andrea Berteleto zwischen 1595 und 1600 anlegen. Alte Salzburger Bürger- und Kaufmannsfamilien und bekannte Persönlichkeiten haben in den prächtigen Arkaden des Friedhofs ihre letzte Ruhestätte gefunden. Dazu gehören Mozarts Vater Leopold, Wolfgangs Gattin Constanze, ihr zweiter Mann Georg Nikolaus von Nissen, ihre Tante Genovefa von Weber, Mutter des Komponisten Carl Maria von Weber sowie Elia Castello, der Erbauer der Gabrielskapelle.

Als die wohl prächtigste Grabstätte erhebt sich in der Mitte des Sebastiansfriedhofs die Gabrielskapelle, das Mausoleum von Fürsterzbischof Wolf Dietrich. Sie wurde nach Plänen von Elia Castello gebaut und erzählt noch heute von der Größe und Gesinnung des damaligen Landesfürsten.