Ihre Entstehung verdankt die Dreifaltigkeitskirche Erzbischof Johann Ernst von Thun, der an dieser Stelle dem Priesterseminar eine dauernde Heimstätte schaffen wollte.

Das gewaltige Bauwerk entstand in den Jahren 1694 bis 1702. Als Vorbild für die Kirche, die mit dem Priesterhaus verbunden wurde, dienten dem Baumeister Schöpfungen römischer Architekten.

Beachtenswert ist der erstmals neue barocke Zug Fischers von Erlach, der sich auch an anderen seiner Salzburger Kirchen beobachten lässt. Berühmt wurde die Dreifaltigkeitskirche besonders durch ihr Kuppelfresko von Johann Michael Rottmayr, das die Krönung Mariens und die Heilige Dreifaltigkeit darstellt. Die Dreifaltigkeitskirche ist eine der wenigen Barockkirchen, die der ausschweifenden Überladung dieses Baustils entgangen sind.